若想彻底摧毁城市，首要流程是瓦解其防御体系。城市本身拥有一定的防御值，这一数值会因城墙、堡垒等防御设施而提高。前期可依靠投石机、攻城塔这类攻城单位优先破坏城墙和防御塔，不过要留意城市驻军带来的反击伤害。只有当城市防御值完全归零，才能进入后续的流程。

当城市失去防御能力后，有占领和夷平两种选项。“占领”会将城市收归己有，保留其建筑、区域和人口。而选择“夷平”则意味着启动摧毁程序，这也是彻底移除敌方城市的核心操作。夷平城市的经过并非一蹴而就，每回合城市人口会不断减少，直到人口完全清零，最终该地块会变成一片废墟。后续这片废墟无法再被任何文明重建为城市，但其他文明仍可运用其基础地块资源。一旦选择夷平，城市内的全部建筑、已开发区域甚至奇观都会永久消失，原有的产出和功能也无法被继承。不过摧毁城市存在一项硬性限制，敌方的首都城市是无法被夷平的。即便首都的防御值被降至零，占领时也只会出现“占领”选项，无法选择摧毁。

从外交和政策层面来看，夷平城市的行为会引发严重后果。其他文明会对这种行为产生强烈不满，进而触发“文明谴责”。导致外交关系急剧恶化，甚至也许引发多个文明联合给你宣战。除了这些之后若当前启用了文化胜利路线的政策，体系也会直接限制夷平操作的执行。