舰队组合的核心在于平衡火力、防御和机动性，同时根据舰船定位合理分配前后排位置。前排通常由高护甲或闪避属性的舰船承担，例如奇美拉重炮型或艾奥级驱逐舰，这类舰船能有效吸收敌方火力；中后排则优先选择高输出舰种，如卡利斯托鱼雷型或搭载舰载机的航母，确保在安全距离内最大化伤害。

资源采集和战斗舰队的比例分配是长期进步的决定因素。工程舰应优先更新采集效率模块，并配备足够仓储容量以延长单次采矿时长。战斗舰队初期提议以护卫舰和驱逐舰为主，后期逐步替换为巡洋舰或战巡等高阶舰种，注意指挥值限制。通过蓝图研究解开的子型号和改造体系能显著提高舰船性能，例如枪骑兵防空型对空效率提高30%。

主力舰队保持400指挥值满编后，可通过增援指令临时加入战巡或航母，注意增援后舰队将转为普通航行玩法。高速侦查舰先行建立规划圈再曲速跃迁主力舰队，能大幅缩短远距离作战的部署时刻。采矿时可采用工程舰和721运输舰混编方法，利用运输舰的仓储能力弥补工程舰初期容量不足的缺陷。

具有防空支援属性的舰船如谷神星载机型，能对同排舰船提供防空掩护，比单纯的反击防空更高效。面对舰载机威胁时，提议前排配置水母防空型或红宝石离子型等专业防空舰，中排辅以光锥级突击型等具备对空能力的巡洋舰。封锁任务中利用野怪刷新点持续获取经验时，注意根据野怪等级调整舰队配置。