舰队编队是决定战斗胜负的核心影响其中一个。合理的队形安排需要综合思考舰船类型、火力分布、防御能力以及战略目标。前排通常部署高护甲单位如护卫舰或驱逐舰，用于吸收敌方火力；中排配置均衡型舰船如巡洋舰，兼顾输出和生存；后排则安排超距离攻击单位如战列巡洋舰或航母，确保安全距离下的持续火力压制。

防空型舰船应优先部署在也许遭遇敌方战机的途径上，例如苔原级驱逐舰凭借30%的防空命中率可有效拦截空中单位。攻城类舰船如雷利亚特级需针对敌方护卫舰集群进行针对性布置，利用其快速清理能力为后续攻击创新机会。支援型舰船如后勤维修舰必须置于受保护区域，避免过早被敌方集火摧毁。

编队策略需动态调整以适应战场变化。面对高爆发的敌方舰队时，可增加前排坦克单位数量并分散站位，降低被范围伤害集中的风险。若敌方侧重空中打击，则需提高防空舰比例并采用密集阵型。增援功能可突破指挥值限制，注意增援后舰队将失去曲速航行能力，因此仅在决定因素战役时运用该战略。工程舰采集队伍提议混编721运输舰以提高仓储容量，减少往返时刻。采矿平台可节省规划圈并提供10%-30%的采集加成，仅限同盟成员运用。