游戏中的肥料有三个种类，每个种类又都有着三个质量。“肥料”是能进步土壤质量，让作物有着更大几率得到高质量，其中质量顶尖的极致化肥需要解开齐先生核桃房才能购买配方，在效果上可以让作物得到铱星质量，这也是唯一得到铱星作物的必要条件。“保湿土壤”属于辅助性肥料，在效果上可以让原本湿润的土壤，在次日有概率依然保持湿润，对于极致保湿土壤则是可以必定让土壤保持湿润情形。

极致保湿土壤的配方则是需要解开姜岛商人，用50的火山晶石可以兑换。最后一种肥料为“生长激素”，在效果上是可以加快作物的生长，极致生长激素效果最佳，可以加快33%，配方解开也是需要在核桃房中购买。需要注意的是，三种肥料的运用时刻是有所不同，提高作物质量的肥料必须要在种子发芽前施肥，对于已经发芽的种子，肥料就无法添加，另外两种肥料则没有额外限制，对于已经发芽的作物，也可以正常施肥。

在运用上玩家首先要了解肥料是会由于换季的影响丢失，即运用作物保土也不能防止肥料的流失。如果想让肥料留到下个季节运用，只有在施肥土壤上种植跨季节的作物，才会保留肥料，除此之外放在温室、姜岛的肥料，也都不会由于季节的交替而流失，只要玩家不用锄头主动移除肥料，就会永久保留。